Что делал: изучал userenv.log, антивирусы, сами компьютеры и Интернет
Что оказалось: драйвер ATI Radeon Xpress 200, который ставит сервис под названием Ati HotKey Poller (ati2evxx.exe), который, в свою очередь открывает пользовательский hive и не закрывает его. Как минимум, проблема присутствует в Catalyst 6.9.
Решение: перевести вышеупомянутый сервис в состояние Disabled
Выводы: убить всех людей, начав с программистов ATI. Купить GeForce.
UPD: Catalyst 6.11, который вышел сегодня, проблему не решает.